Diversos artefatos podem ocorrer em TERS; a seção a seguir descreve as diferentes fontes de espectros TER parasitas. 33 A contaminação por carbono pode ser produzida pelo aquecimento da amostra, pela adsorção de ar ambiente na própria ponta ou pela contaminação direta da amostra. 34-35 Para tempos de aquisição longos e quando ocorre tal contaminação, o sinal Raman coletado frequentemente se resume a duas bandas largas (bandas D e G) centradas em torno de 1350 cm⁻¹.-1 e 1580 cm-1 respectivamente, que podem ser facilmente reconhecidos. No entanto, esses sinais de fundo amplos não necessariamente obscurecem o espectro TERS do material de interesse, pois este geralmente pode ser facilmente identificado como bandas Raman nítidas sobrepostas aos sinais de fundo amplos. Contudo, se essa contaminação levar a picos fortes e nítidos que se assemelham aos picos da impressão digital espectral do analito, torna-se muito mais difícil reconhecer esses picos em meio aos sinais de contaminação. Possibilidades para examinar se o espectro observado pertence a uma substância parasita ou não incluem, por exemplo, comparar minuciosamente o padrão espectral com dados de espectroscopia Raman convencional ou SERS, ou realizar uma medição dependente do tempo, visto que os sinais de contaminação frequentemente flutuam.
Além disso, os espectros TER frequentemente apresentam um ruído de fundo de banda larga que não está relacionado a contaminações por carbono e cuja origem ainda não é totalmente compreendida. A explicação mais comum é que uma fotoluminescência dependente de plasmons da superfície metálica rugosa (ou do próprio espaço entre a ponta e a amostra) seja responsável pelo ruído de fundo. Uma contribuição de fluorescência de campo distante da própria amostra também pode ocorrer e pode ser tão intensa a ponto de saturar o detector do espectrômetro Raman.
Um grande aumento de intensidade é um pré-requisito para medições de poucas ou únicas moléculas, mas frequentemente as moléculas adsorvidas não suportam intensidades de campo tão extremas! Intensidades locais extremas após o aumento de intensidade podem se tornar contraproducentes; para superar esse problema, recomenda-se usar uma potência incidente comparativamente fraca de alguns μW cm⁻² (ou um foco suficientemente grande ou um tempo de aquisição curto) para evitar fotobranqueamento, processos fotoquímicos, aquecimento da amostra ou dessorção de moléculas. Sob iluminação contínua, esse efeito pode levar à decomposição das moléculas analisadas. Durante esse processo, ligações moleculares são quebradas e novas são formadas, o que explica o "cintilamento" das linhas Raman. Essas flutuações nos espectros Raman, em número, intensidade e posição do número de onda das bandas, podem ser interpretadas em termos de reações químicas em andamento que levam à modificação na estrutura esquelética do carbono e na natureza das ligações químicas.